Charles Darwin mengiktiraf sebilangan kecil trait yang menjadikan spesies bela jinak berbeza daripada leluhur liarnya. Beliau juga merupakan yang pertama untuk mengiktiraf perbezaan antara pembiakbakaan terpilih sedar, yang dalamnya manusia secara langsung memilih trait-trait yang diingini, dengan pemilihan tanpa sedar yang melibatkan trait-trait yang mengalami evolusi sebagai hasil sampingan bagi pemilihan semula jadi atau daripada pemilihan terhadap trait-trait lain.[2][3][4] Haiwan bela jinak mempunyai variasi warna bulu serta tekstur, keragaman kerdil dan gergasi, dan perubahan kitaran pembiakannya, dan banyak lagi mempunyai perapatan gigi dan telinga terkelepai.

Walaupun ada kemudahan untuk membuat pengandaian bahawa setiap trait ini dipilih secara unik oleh pemburu-pemungut dan peladang awal, bermula pada tahun 1959, Dmitry Belyayev menguji tindak balas rubah perak terhadap tangan yang ditempatkan di dalam sangkar dan memilih yang paling jinak dan paling kurang langsang untuk membiak. Selama 40 tahun berikutnya, beliau berjaya menghasilkan rubah dengan trait-trait yang tidak pernah dipilih secara langsung, termasuk bulu tompok, telinga terkelepai, ekor ternaik, muncul memendek, dan anjakan masa perkembangan.[39][68][69] Pada tahun 1980-an, seorang penyelidik menggunakan satu set penanda tingkah laku, kognisi, dan fenotip boleh lihat, seperti warna bulu, untuk menghasilkan rusa parang bela jinak dalam beberapa generasi.[39][70] Hasil serupa untuk kejinakan dan ketakutan telah ditemukan untuk mink[71] dan burung puyuh Jepun.[72] Sebagai tambahan dalam menunjukkan bahawa trait-trait fenotip bela jinak dapat bangkit melalui pemilihan untuk trait tingkah laku, dan trait-trait tingkah laku bela jinak dapat bangkit melalui pemilihan untuk trait fenotip, uji-uji kaji ini menyediakan mekanisme untuk menjelaskan cara proses pembelajinakan haiwan dapat bermula tanpa fikiran awal dan tindakan manusia.[39]

Perbezaan genetik antara populasi bela jinak dengan populasi liar dapat dibingkaikan dalam dua pertimbangan. Yang pertama membezakan antara trait-trait pembelajinakan yang dianggap penting pada peringkat-peringkat awal bagi pembelajinakan, dan trait-trait penambahbaikan yang telah muncul sejak perpisahan antara populasi liar dengan populasi bela jinak.[5][6][7] Trait-trait pembelajinakan umumnya tetap pada semua haiwan atau tumbuhan bela jinak, dan dipilih semasa babak awal pembelajinakan bagi haiwan atau tumbuhan berkenaan, sementara trait-trait penambahbaikan hanya hadir pada sebahagian haiwan atau tumbuhan bela jinak, tetapi mungkin tetap pada baka atau populasi rantauan individual.[6][7][8] Isu kedua ialah sama ada trait-trait berhubung kait dengan sindrom pembelajinakan disebabkan oleh pengenduran pemilihan sebaik haiwan meninggalkan persekitaran liar atau oleh pemilihan positif yang disebabkan oleh pilihan sengaja dan tidak sengaja oleh manusia. Sesetengah kajian genom terkini terhadap dasar genetik bagi trait-trait yang berhubung kait dengan sindrom pembelajinakan telah mewujudkan tumpuan pada kedua-dua isu ini.[7]

Ahli genetik telah mengenal pasti lebih daripada 300 lokus genetik dan 150 gen yang berhubung kait dengan kebolehubahan warna bulu.[39][75] Pengetahuan tentang mutasi-mutasi yang berhubung kait dengan warna berbeza telah membolehkan korelasi antara masa kemunculan warna bulu berlainan pada kuda dengan masa pembelajinakannya.[39][76] Kajian lain telah menunjukkan cara pemilihan aruhan manusia menyebabkan variasi alel pada babi.[39][77] Bersama-sama, wawasan-wawasan ini mencadangan bahawa, walaupun pemilihan semula jadi telah mengekalkan variasi pada kadar minimum sebelum pembelajinakan, manusia telah giat memilih warna bulu baharu sebaik kemunculannya pada populasi terurus.[39][44]

Pada tahun 2015, satu kajian meneliti melebihi 100 jujukan genom babi untuk menentukan proses pembelajinakan babi-babi ini. Proses pembelajinakan diandaikan telah dimulakan oleh manusia, dengan penglibatan beberapa individu dan kebergantungan pada pengasingan pembiakan antara bentuk liar dengan bentuk bela jinak, tetapi kajian ini menemukan bahawa andaian pengasingan pembiakan dengan kejejalan populasi tidak disokong. Kajian ini menandakan bahawa babi dibelajinakkan secara terpisah di Asia Barat dan di China. Babi di Asia Barat diperkenalkan ke Eropah, lalu membiak silang dengan babi hutan di situ. Satu model yang padan dengan data yang menyertakan percampuran dengan populasi hantu yang kini pupus bagi babi liar semasa Pleistosen. Kajian ini juga menemukan bahawa walaupun ada penyilangan balik dengan babi liar, genom-genom babi bela jinak mempunyai tanda kuat bagi pemilihan pada lokus-lokus genetik yang mempengaruhi tingkah laku dan morfologi. Kajian ini menyimpulkan bahawa pemilihan oleh manusia untuk trait-trait bela jinak mungkin sekali mengatasi kesan penghomogenan bagi aliran gen daripada babi hutan kepada babi dan mewujudkan pulau pembelajinakan dalam genom itu. Proses sama juga dapat diterapkan terhadap haiwan bela jinak lain.[73][74]

Tidak seperti spesies bela jinak lain yang terutamanya dipilih untuk trait-trait berkaitan dengan penghasilan, anjing pada asalnya dipilih untuk tingkah lakunya.[25][26] Pada tahun 2016, satu kajian menemukan bahawa hanya ada 11 gen tetap yang menunjukkan variasi antara serigala dengan anjing. Variasi-variasi gen ini mungkin sekali bukan disebabkan oleh evolusi semula jadi, dan menandakan pemilihan terhadap kedua-dua morfologi dan tingkah laku semasa pembelajinakan anjing. Gen-gen ini ditunjukkan menjejaskan laluan sintesis katekolamina, dengan kebanyakan gen yang menjejaskan gerak balas lawan atau lari[26][78] (iaitu pemilihan untuk kejinakan), dan pemprosesan emosi.[26] Anjing umumnya menunjukkan ketakutan dan kelangsangan berkurang berbanding dengan serigala.[26][79] Sesetengah gen ini telah dihubungkaitkan dengan kelangsangan pada sesetengah baka anjing, menandakan kepentingan gen-gen ini dalam kedua-dua pembelajinakan awal dan kemudiannya dalam pembentukan baka.[26]